Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 FOXD4L5-201ENST00000377420 3109 ntAPPRIS P1 BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 PSD-209ENST00000611678 3382 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 POLR2B-205ENST00000441246 3839 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CYB561-201ENST00000360793 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 RFTN1-203ENST00000432519 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 PIGS-203ENST00000395346 2815 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 UBASH3A-203ENST00000398367 1733 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SORD2P-201ENST00000558556 1069 ntBASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 RN7SL602P-201ENST00000578326 324 ntBASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CEP295NL-205ENST00000619342 1866 ntTSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AL590132.1-202ENST00000638983 4184 ntTSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CACNA2D1-201ENST00000356253 3858 ntTSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AGPAT3-218ENST00000546158 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 CTNND2-202ENST00000458100 1962 ntTSL 5 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AGAP9-201ENST00000452145 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.38□□□□□ -0.59
CCDC140Q96MF4 RPTOR-202ENST00000544334 5734 ntTSL 5 BASIC11.38□□□□□ -0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73 ms