Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MKRN2-201ENST00000170447 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC093673.1-201ENST00000429630 648 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 RLN3-201ENST00000431365 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AL365436.2-201ENST00000434112 526 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CRADD-205ENST00000548483 1056 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 HPGD-209ENST00000510901 1535 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 KRT8P43-201ENST00000406052 1458 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 RPA3-202ENST00000396682 847 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ID2-AS1-201ENST00000412712 953 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AL365275.1-201ENST00000518570 471 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AP005264.6-204ENST00000588436 719 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 KIR2DS4-201ENST00000339924 1608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 C12orf65-204ENST00000429587 1326 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 PLAC9P1-201ENST00000397540 389 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 WASIR1-201ENST00000399966 1054 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AL354892.2-201ENST00000413088 403 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 EEF1DP2-201ENST00000433698 843 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AREG-202ENST00000502307 956 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CHCHD2P2-201ENST00000503744 321 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ANO3-205ENST00000531646 1264 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TPM1-220ENST00000559556 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 RN7SL455P-201ENST00000580629 282 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CLN8-204ENST00000519254 1769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TBCE-202ENST00000406207 2012 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SIAE-206ENST00000618733 1980 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CALCB-203ENST00000533448 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CYP4B1-201ENST00000271153 2171 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ARMC8-213ENST00000470821 1656 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CEP250-201ENST00000397524 1419 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TCEA3-201ENST00000374601 1197 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AP001057.1-201ENST00000437557 799 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC105390.1-201ENST00000511330 560 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 C12orf73-210ENST00000552940 685 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ACTN4-203ENST00000424234 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms