Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NECAB3-209ENST00000483813 1277 ntTSL 527.5■■□□□ 1.991e-13■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.982e-6■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.983e-8■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 GNG4-201ENST00000366597 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.673e-8■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.613e-8■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 GNG4-204ENST00000450593 4978 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.59□□□□□ -0.393e-8■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 FOXK1-201ENST00000328914 11181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.08□□□□□ -0.484e-8■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 LDLR-203ENST00000535915 2768 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.272e-8■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 LDLR-205ENST00000557933 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.32e-8■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.041e-8■■■■■ 35.8
UPF1Q92900 STAT6-201ENST00000300134 4034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.694e-7■■■■■ 35.8
UPF1Q92900 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.722e-20■■■■■ 35.8
UPF1Q92900 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.422e-20■■■■■ 35.8
UPF1Q92900 SGPL1-202ENST00000373202 5745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.651e-8■■■■■ 35.8
UPF1Q92900 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.191e-7■■■■■ 35.8
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UPF1Q92900 TMEM19-203ENST00000546795 506 ntTSL 210.61□□□□□ -0.711e-7■■■■■ 35.8
UPF1Q92900 BRF1-208ENST00000546997 1999 ntTSL 220.01■□□□□ 0.792e-8■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 FBXL19-203ENST00000427128 3312 ntTSL 1 (best)17.18■□□□□ 0.349e-7■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.319e-7■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.139e-7■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.039e-7■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.429e-9■■■■■ 35.7
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UPF1Q92900 SNX12-202ENST00000374274 2376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.29e-9■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 SNX12-204ENST00000483560 700 ntTSL 59.55□□□□□ -0.889e-9■■■■■ 35.7
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UPF1Q92900 MTMR4-201ENST00000323456 5839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.772e-9■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.313e-12■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.933e-12■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 SLC46A1-208ENST00000618626 5363 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.234e-7■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 SLC46A1-207ENST00000612814 6376 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.68□□□□□ -0.384e-7■■■■■ 35.7
UPF1Q92900 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.277e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.27e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 AP3D1-203ENST00000585652 4433 ntTSL 213.11□□□□□ -0.317e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 AP3D1-206ENST00000589223 3357 ntTSL 212.49□□□□□ -0.417e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 NOL9-201ENST00000377705 6649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.238e-9■■■■■ 35.6
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UPF1Q92900 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.111e-7■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.251e-7■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 AC069368.1-201ENST00000502574 1178 ntTSL 230.92■■■□□ 2.544e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.744e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.624e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.534e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 DHDDS-216ENST00000525682 1235 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.254e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.134e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 PLEKHO2-202ENST00000616065 3569 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.184e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 KPNA1-205ENST00000470904 3060 ntTSL 27.58□□□□□ -1.24e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 KPNA1-201ENST00000344337 6830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.55□□□□□ -1.24e-9■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 TMEM63A-208ENST00000496025 789 ntTSL 219.4■□□□□ 0.75e-11■■■■■ 35.6
UPF1Q92900 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.586e-25■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 CALR-204ENST00000586967 394 ntTSL 218.62■□□□□ 0.576e-25■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.683e-7■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.434e-8■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.074e-8■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.084e-8■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.123e-9■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.083e-9■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 ARFGAP1-209ENST00000518794 2727 ntTSL 1 (best)17.92■□□□□ 0.469e-9■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.219e-9■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.82e-7■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 AP1M1-215ENST00000592703 583 ntTSL 219.5■□□□□ 0.712e-7■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.396e-10■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.066e-10■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 TMEM263-207ENST00000551237 795 ntTSL 310.67□□□□□ -0.76e-10■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 TMEM263-205ENST00000548806 644 ntTSL 29.88□□□□□ -0.836e-10■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 NAT14-203ENST00000588985 730 ntTSL 530.14■■■□□ 2.424e-10■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.342e-9■■■■■ 35.5
UPF1Q92900 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.087e-7■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.192e-6■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.792e-6■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 KAT5-213ENST00000533596 709 ntTSL 317.63■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 VPS4A-201ENST00000254950 4100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.346e-11■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.114e-9■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 UNG-203ENST00000446767 2016 ntTSL 1 (best)21.49■■□□□ 1.034e-9■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 UNG-204ENST00000539287 2234 ntTSL 519.8■□□□□ 0.764e-9■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.614e-9■■■■■ 35.4
UPF1Q92900 SRPRB-201ENST00000466490 2827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.37e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 SRPRB-202ENST00000466636 917 ntTSL 311.31□□□□□ -0.67e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC16.28■□□□□ 0.21e-21■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.49e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MPI-217ENST00000567177 1068 ntTSL 322.27■■□□□ 1.163e-9■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.753e-9■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MPI-208ENST00000563786 1707 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.33e-9■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MPI-201ENST00000323744 1619 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.083e-9■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MPI-202ENST00000352410 5828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.513e-9■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MPI-214ENST00000566556 2795 nt11.21□□□□□ -0.623e-9■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MPI-213ENST00000566377 2809 ntTSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.913e-9■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 UBL4A-204ENST00000421431 1652 ntTSL 521.02■□□□□ 0.963e-8■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 FSCN1-205ENST00000473330 2215 ntTSL 219.8■□□□□ 0.766e-8■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.356e-8■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.952e-14■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 CD276-210ENST00000560928 2181 ntTSL 218.04■□□□□ 0.481e-6■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.18e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.218e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 GATC-203ENST00000551765 4244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.282e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.852e-11■■■■■ 35.3
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