Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 NR1H3-221ENST00000481889 1704 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PRDM16-206ENST00000511072 4282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 ZNF717-204ENST00000478296 3875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 DSTN-201ENST00000246069 3617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CCDC117-202ENST00000421503 3766 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 FAM200B-201ENST00000422728 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PHTF2-206ENST00000422959 3525 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 GABPB1-201ENST00000220429 2726 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CYB561-202ENST00000392975 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 APBB1-201ENST00000299402 2636 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PIAS1-202ENST00000545237 2932 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 LINC02346-201ENST00000383019 1967 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 IL1RAPL2-202ENST00000372582 2985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 ZNF843-202ENST00000564218 3816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PADI2-202ENST00000375486 4345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 IFRD1-205ENST00000429071 1938 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CEP135-202ENST00000422247 2092 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 FUT8-202ENST00000358307 2664 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 DPP8-202ENST00000321147 3125 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 MGAT1-205ENST00000446023 3175 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 MSH5-201ENST00000375703 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CDYL-205ENST00000449732 2139 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SLC1A7-202ENST00000371494 2637 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CCHCR1-203ENST00000396268 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RCAN2-203ENST00000371374 3327 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RBPJ-206ENST00000361572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 LHX6-210ENST00000559895 3587 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SNX19-211ENST00000533214 3096 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms