Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC28BQ9BUN5 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC28BQ9BUN5 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms