Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms