Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
HOXA4Q00056 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.7
HOXA4Q00056 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms