Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ADAR-202ENST00000368474 6625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ELK4-202ENST00000357992 10239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LATS1-207ENST00000543571 7517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SBF1-202ENST00000380817 8008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RAPGEF1-202ENST00000372190 6045 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NUP98-201ENST00000324932 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC11.79□□□□□ -0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms