Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMD1Q9UGP4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMD1Q9UGP4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms