Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SHMT2P34897 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 AC104581.4-201ENST00000623126 3052 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SHMT2P34897 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 SEPT9-208ENST00000541152 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SHMT2P34897 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms