RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000545882.5

CNN3-207, Transcript of calponin 3, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene CNN3, Length 1,902 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CNN3-207ENST00000545882 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.96■■■□□ 2.71
CNN3-207ENST00000545882 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.49■■□□□ 1.99
CNN3-207ENST00000545882 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP27.02■■□□□ 1.92
CNN3-207ENST00000545882 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa26.95■■□□□ 1.91
CNN3-207ENST00000545882 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP26.45■■□□□ 1.83
CNN3-207ENST00000545882 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.4■■□□□ 1.82
CNN3-207ENST00000545882 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.08■■□□□ 1.76
CNN3-207ENST00000545882 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.88■■□□□ 1.73
CNN3-207ENST00000545882 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.86■■□□□ 1.73
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CNN3-207ENST00000545882 SCRIBQ14160 1630 aa25.44■■□□□ 1.66
CNN3-207ENST00000545882 NACADO15069 1562 aa25.4■■□□□ 1.66
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CNN3-207ENST00000545882 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP25.1■■□□□ 1.61
CNN3-207ENST00000545882 PCGF6Q9BYE7 350 aa25.09■■□□□ 1.61
CNN3-207ENST00000545882 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.07■■□□□ 1.6
CNN3-207ENST00000545882 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.01■■□□□ 1.59
CNN3-207ENST00000545882 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.82■■□□□ 1.56
CNN3-207ENST00000545882 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.76■■□□□ 1.55
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CNN3-207ENST00000545882 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.67■■□□□ 1.54
CNN3-207ENST00000545882 TRIM41Q8WV44 630 aa24.64■■□□□ 1.53
CNN3-207ENST00000545882 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP24.63■■□□□ 1.53
CNN3-207ENST00000545882 WIZO95785 1651 aa24.61■■□□□ 1.53
CNN3-207ENST00000545882 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.59■■□□□ 1.53
CNN3-207ENST00000545882 SMARCA4P51532 1647 aa24.43■■□□□ 1.5
CNN3-207ENST00000545882 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP24.42■■□□□ 1.5
CNN3-207ENST00000545882 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.35■■□□□ 1.49
CNN3-207ENST00000545882 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
CNN3-207ENST00000545882 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP24.32■■□□□ 1.48
CNN3-207ENST00000545882 EHMT2Q96KQ7 1210 aa24.17■■□□□ 1.46
CNN3-207ENST00000545882 SMARCA2P51531 1590 aa24.15■■□□□ 1.46
CNN3-207ENST00000545882 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP24.1■■□□□ 1.45
CNN3-207ENST00000545882 PEG3Q9GZU2 1588 aa24.1■■□□□ 1.45
CNN3-207ENST00000545882 CCDC88BA6NC98 1476 aa24.1■■□□□ 1.45
CNN3-207ENST00000545882 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.06■■□□□ 1.44
CNN3-207ENST00000545882 ABCC8Q09428 1581 aa24■■□□□ 1.43
CNN3-207ENST00000545882 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.82■■□□□ 1.4
CNN3-207ENST00000545882 SOGA1O94964 1423 aa23.76■■□□□ 1.39
CNN3-207ENST00000545882 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP23.73■■□□□ 1.39
CNN3-207ENST00000545882 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.71■■□□□ 1.39
CNN3-207ENST00000545882 CEP162Q5TB80 1403 aa23.68■■□□□ 1.38
CNN3-207ENST00000545882 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa23.68■■□□□ 1.38
CNN3-207ENST00000545882 TNIKQ9UKE5 1360 aa23.66■■□□□ 1.38
CNN3-207ENST00000545882 EEA1Q15075 1411 aa23.64■■□□□ 1.37
CNN3-207ENST00000545882 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP23.61■■□□□ 1.37
CNN3-207ENST00000545882 CSRNP3Q8WYN3 585 aa23.58■■□□□ 1.37
CNN3-207ENST00000545882 HMGXB3Q12766 1538 aa23.51■■□□□ 1.35
CNN3-207ENST00000545882 SYNJ1O43426 1573 aa23.51■■□□□ 1.35
CNN3-207ENST00000545882 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP23.5■■□□□ 1.35
CNN3-207ENST00000545882 GOLGA3Q08378 1498 aa23.5■■□□□ 1.35
CNN3-207ENST00000545882 NCAPD3P42695 1498 aa23.47■■□□□ 1.35
CNN3-207ENST00000545882 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP23.43■■□□□ 1.34
CNN3-207ENST00000545882 UBTFP17480 764 aaKnown RBP23.43■■□□□ 1.34
CNN3-207ENST00000545882 KIF21BO75037 1637 aa23.41■■□□□ 1.34
CNN3-207ENST00000545882 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.34■■□□□ 1.33
CNN3-207ENST00000545882 TOP2BQ02880 1626 aa23.32■■□□□ 1.32
CNN3-207ENST00000545882 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP23.31■■□□□ 1.32
CNN3-207ENST00000545882 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa23.29■■□□□ 1.32
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CNN3-207ENST00000545882 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa23.19■■□□□ 1.3
CNN3-207ENST00000545882 CFTRP13569 1480 aa23.18■■□□□ 1.3
CNN3-207ENST00000545882 VPS8Q8N3P4 1428 aa23.14■■□□□ 1.3
CNN3-207ENST00000545882 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP23.14■■□□□ 1.29
CNN3-207ENST00000545882 PRDM2Q13029 1718 aa23.11■■□□□ 1.29
CNN3-207ENST00000545882 CUX1P39880 1505 aa23.09■■□□□ 1.29
CNN3-207ENST00000545882 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP23.05■■□□□ 1.28
CNN3-207ENST00000545882 NEUROD1Q13562 356 aa23.01■■□□□ 1.27
CNN3-207ENST00000545882 ERICH3Q5RHP9 1530 aa22.99■■□□□ 1.27
CNN3-207ENST00000545882 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP22.99■■□□□ 1.27
CNN3-207ENST00000545882 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa22.98■■□□□ 1.27
CNN3-207ENST00000545882 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP22.97■■□□□ 1.27
CNN3-207ENST00000545882 PRXQ9BXM0 1461 aa22.97■■□□□ 1.27
CNN3-207ENST00000545882 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.91■■□□□ 1.26
CNN3-207ENST00000545882 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP22.9■■□□□ 1.26
CNN3-207ENST00000545882 ARAP1Q96P48 1450 aa22.9■■□□□ 1.26
CNN3-207ENST00000545882 APLP2Q06481 763 aa22.89■■□□□ 1.25
CNN3-207ENST00000545882 KIF27Q86VH2 1401 aa22.87■■□□□ 1.25
CNN3-207ENST00000545882 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP22.84■■□□□ 1.25
CNN3-207ENST00000545882 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
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CNN3-207ENST00000545882 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP22.72■■□□□ 1.23
CNN3-207ENST00000545882 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.7■■□□□ 1.22
CNN3-207ENST00000545882 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.68■■□□□ 1.22
CNN3-207ENST00000545882 CUX2O14529 1486 aa22.67■■□□□ 1.22
CNN3-207ENST00000545882 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa22.67■■□□□ 1.22
CNN3-207ENST00000545882 MIER1Q8N108 512 aa22.67■■□□□ 1.22
CNN3-207ENST00000545882 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP22.66■■□□□ 1.22
CNN3-207ENST00000545882 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP22.65■■□□□ 1.22
CNN3-207ENST00000545882 IGF1RP08069 1367 aa22.63■■□□□ 1.21
CNN3-207ENST00000545882 CLSPNQ9HAW4 1339 aa22.62■■□□□ 1.21
CNN3-207ENST00000545882 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.62■■□□□ 1.21
CNN3-207ENST00000545882 NESP48681 1621 aa22.55■■□□□ 1.2
CNN3-207ENST00000545882 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.55■■□□□ 1.2
CNN3-207ENST00000545882 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP22.54■■□□□ 1.2
CNN3-207ENST00000545882 TOPBP1Q92547 1522 aa22.53■■□□□ 1.2
CNN3-207ENST00000545882 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.51■■□□□ 1.19
CNN3-207ENST00000545882 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa22.5■■□□□ 1.19
CNN3-207ENST00000545882 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.49■■□□□ 1.19
CNN3-207ENST00000545882 CCNB3Q8WWL7 1395 aa22.49■■□□□ 1.19
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