Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP39Q53GS9 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms