Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 HNRNPA1P23-201ENST00000491091 1133 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIMD1Q9UGP4 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms