Protein–RNA interactions for Protein: Q5VTB9

RNF220, E3 ubiquitin-protein ligase RNF220, humanhuman

Predictions only

Length 566 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF220Q5VTB9 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 SEMA4B-201ENST00000332496 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ATE1-202ENST00000369040 4803 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ZNF718-202ENST00000609714 2772 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 SLC27A4-201ENST00000300456 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ARHGAP10-201ENST00000336498 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RCAN3-207ENST00000538532 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 PABPC1-201ENST00000318607 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RNF183-206ENST00000478815 2312 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 FXYD6-207ENST00000527717 1799 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 LANCL2-201ENST00000254770 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 DNER-201ENST00000341772 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 CLEC16A-202ENST00000409552 3365 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 MAP7-204ENST00000454590 3119 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 DDX20-201ENST00000369702 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 FOXF1-201ENST00000262426 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 SPOCK3-218ENST00000511531 2908 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TMEM231-207ENST00000568377 2920 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 GRIK4-208ENST00000638419 3593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 TTC28-AS1-212ENST00000433317 3080 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 KLHL13-207ENST00000540167 3396 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 STK3-201ENST00000419617 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 ZNF782-205ENST00000481138 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RNF220Q5VTB9 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms