Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 VWA7-201ENST00000375688 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 SLC52A3-205ENST00000632431 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 CRYBG2-210ENST00000527815 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIMA1Q9UHB6 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.9 ms