Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS29Q9UBQ0 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS29Q9UBQ0 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS29Q9UBQ0 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms