Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC3Q9NQT5 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC3Q9NQT5 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC3Q9NQT5 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms