Protein–RNA interactions for Protein: Q96RL7

VPS13A, Vacuolar protein sorting-associated protein 13A, humanhuman

Predictions only

Length 3,174 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13AQ96RL7 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS13AQ96RL7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS13AQ96RL7 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS13AQ96RL7 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms