Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms