Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN9O95484 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
CLDN9O95484 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLDN9O95484 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms