Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SDC1P18827 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
SDC1P18827 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SDC1P18827 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms