Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMA1Q9UHB6 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms