Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC28.51■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
SCN9AQ15858 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SCN9AQ15858 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms