Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A4P53420 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms