Protein–RNA interactions for Protein: Q9H239

MMP28, Matrix metalloproteinase-28, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP28Q9H239 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MMP28Q9H239 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP28Q9H239 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP28Q9H239 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP28Q9H239 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP28Q9H239 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP28Q9H239 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
MMP28Q9H239 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
MMP28Q9H239 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MMP28Q9H239 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
MMP28Q9H239 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MMP28Q9H239 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MMP28Q9H239 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MMP28Q9H239 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MMP28Q9H239 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MMP28Q9H239 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MMP28Q9H239 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
MMP28Q9H239 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
MMP28Q9H239 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
MMP28Q9H239 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MMP28Q9H239 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MMP28Q9H239 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MMP28Q9H239 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
MMP28Q9H239 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MMP28Q9H239 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MMP28Q9H239 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MMP28Q9H239 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MMP28Q9H239 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
MMP28Q9H239 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MMP28Q9H239 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
MMP28Q9H239 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
MMP28Q9H239 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
MMP28Q9H239 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MMP28Q9H239 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MMP28Q9H239 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
MMP28Q9H239 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
MMP28Q9H239 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MMP28Q9H239 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
MMP28Q9H239 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MMP28Q9H239 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
MMP28Q9H239 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MMP28Q9H239 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
MMP28Q9H239 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MMP28Q9H239 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
MMP28Q9H239 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MMP28Q9H239 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
MMP28Q9H239 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
MMP28Q9H239 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MMP28Q9H239 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MMP28Q9H239 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MMP28Q9H239 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MMP28Q9H239 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
MMP28Q9H239 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MMP28Q9H239 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MMP28Q9H239 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MMP28Q9H239 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MMP28Q9H239 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MMP28Q9H239 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MMP28Q9H239 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MMP28Q9H239 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MMP28Q9H239 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MMP28Q9H239 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MMP28Q9H239 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MMP28Q9H239 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MMP28Q9H239 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
MMP28Q9H239 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MMP28Q9H239 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MMP28Q9H239 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms