Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 AIF1-204ENST00000466820 1180 ntTSL 513.9□□□□□ -0.182e-31■■■■■ 136.4
LIN28BQ6ZN17 AIF1-201ENST00000337917 607 ntTSL 1 (best)10.3□□□□□ -0.762e-31■■■■■ 136.4
LIN28BQ6ZN17 AIF1-203ENST00000376059 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.882e-31■■■■■ 136.4
LIN28BQ6ZN17 AIF1-202ENST00000376049 524 ntTSL 1 (best) BASIC4.22□□□□□ -1.732e-31■■■■■ 136.4
LIN28BQ6ZN17 RICTOR-210ENST00000515846 677 ntTSL 58.26□□□□□ -1.096e-7■■■■■ 136.3
LIN28BQ6ZN17 RICTOR-205ENST00000509567 638 ntTSL 34.41□□□□□ -1.76e-7■■■■■ 136.3
LIN28BQ6ZN17 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.143e-11■■■■■ 133.8
LIN28BQ6ZN17 UBQLN1-206ENST00000533705 6055 ntTSL 1 (best)6.22□□□□□ -1.413e-11■■■■■ 133.8
LIN28BQ6ZN17 XPOT-202ENST00000400935 984 ntTSL 27□□□□□ -1.291e-31■■■■■ 133.2
LIN28BQ6ZN17 EIF2AK1-209ENST00000490523 905 ntTSL 28.71□□□□□ -1.028e-36■■■■■ 132
LIN28BQ6ZN17 AC005394.2-201ENST00000592347 3113 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.263e-7■■■■■ 131.1
LIN28BQ6ZN17 AC005394.1-201ENST00000589999 1269 ntTSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.663e-7■■■■■ 131.1
LIN28BQ6ZN17 AL049650.1-201ENST00000461548 823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.72□□□□□ -1.335e-27■■■■■ 130.5
LIN28BQ6ZN17 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.596e-18■■■■■ 129.5
LIN28BQ6ZN17 RPS27A-203ENST00000404735 796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.466e-18■■■■■ 129.5
LIN28BQ6ZN17 RPS27A-202ENST00000402285 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.35□□□□□ -0.596e-18■■■■■ 129.5
LIN28BQ6ZN17 RPS27A-210ENST00000495843 1159 ntTSL 58.55□□□□□ -1.046e-18■■■■■ 129.5
LIN28BQ6ZN17 RNMT-203ENST00000543302 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.79□□□□□ -1.87e-18■■■■■ 127
LIN28BQ6ZN17 RNMT-206ENST00000589866 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.01□□□□□ -1.937e-18■■■■■ 127
LIN28BQ6ZN17 CHMP2A-206ENST00000600118 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.22e-13■■■■■ 126.5
LIN28BQ6ZN17 CHMP2A-205ENST00000600006 766 ntTSL 28.99□□□□□ -0.972e-13■■■■■ 126.5
LIN28BQ6ZN17 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.058e-21■■■■■ 125.3
LIN28BQ6ZN17 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.391e-13■■■■■ 124.1
LIN28BQ6ZN17 USP32-204ENST00000586238 742 ntTSL 212.09□□□□□ -0.471e-13■■■■■ 124.1
LIN28BQ6ZN17 USP32-214ENST00000592339 4045 ntTSL 1 (best) BASIC6.24□□□□□ -1.411e-13■■■■■ 124.1
LIN28BQ6ZN17 TBL1XR1-215ENST00000474363 6229 ntTSL 1 (best)6.58□□□□□ -1.361e-26■■■■■ 123.1
LIN28BQ6ZN17 TBL1XR1-233ENST00000637659 3105 ntTSL 53.65□□□□□ -1.821e-26■■■■■ 123.1
LIN28BQ6ZN17 TBL1XR1-228ENST00000636864 6888 ntTSL 51.89□□□□□ -2.111e-26■■■■■ 123.1
LIN28BQ6ZN17 TRAP1-215ENST00000576106 555 ntTSL 425.75■■□□□ 1.713e-18■■■■■ 122.5
LIN28BQ6ZN17 TRAP1-211ENST00000574941 558 ntTSL 421.91■■□□□ 1.13e-18■■■■■ 122.5
LIN28BQ6ZN17 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.941e-26■■■■■ 121.3
LIN28BQ6ZN17 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.491e-26■■■■■ 121.3
LIN28BQ6ZN17 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.321e-26■■■■■ 121.3
LIN28BQ6ZN17 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.261e-26■■■■■ 121.3
LIN28BQ6ZN17 ETFA-206ENST00000559075 1735 ntTSL 222.95■■□□□ 1.262e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 ETFA-215ENST00000560595 917 ntTSL 1 (best)22.77■■□□□ 1.242e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 ETFA-207ENST00000559386 893 ntTSL 522.77■■□□□ 1.242e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 ETFA-211ENST00000560044 1054 ntTSL 520.96■□□□□ 0.952e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 ETFA-218ENST00000560899 910 ntTSL 519.29■□□□□ 0.682e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 ETFA-214ENST00000560345 717 ntTSL 49.72□□□□□ -0.852e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 ETFA-217ENST00000560816 412 ntTSL 38.25□□□□□ -1.092e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 ETFA-209ENST00000559758 893 ntTSL 26.83□□□□□ -1.322e-9■■■■■ 120.9
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-209ENST00000478794 475 ntTSL 23.09□□□□□ -1.915e-8■■■■■ 119.5
LIN28BQ6ZN17 AC005208.1-201ENST00000435112 599 ntTSL 3 BASIC4.73□□□□□ -1.657e-33■■■■■ 119.3
LIN28BQ6ZN17 AC019176.2-201ENST00000611579 315 ntBASIC4.36□□□□□ -1.712e-31■■■■■ 119
LIN28BQ6ZN17 HNRNPH3-201ENST00000265866 2339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.174e-8■■■■■ 117.7
LIN28BQ6ZN17 HNRNPH3-211ENST00000491200 2308 ntTSL 1 (best)13.75□□□□□ -0.214e-8■■■■■ 117.7
LIN28BQ6ZN17 ETFA-201ENST00000267950 1289 ntTSL 523.74■■□□□ 1.394e-9■■■■■ 116.5
LIN28BQ6ZN17 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.064e-9■■■■■ 116.5
LIN28BQ6ZN17 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.964e-9■■■■■ 116.5
LIN28BQ6ZN17 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.684e-9■■■■■ 116.5
LIN28BQ6ZN17 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.34e-9■■■■■ 116.5
LIN28BQ6ZN17 ETFA-210ENST00000559973 804 ntTSL 38.19□□□□□ -1.14e-9■■■■■ 116.5
LIN28BQ6ZN17 RHEB-205ENST00000478470 1153 ntTSL 528.63■■■□□ 2.173e-28■■■■■ 115.6
LIN28BQ6ZN17 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.693e-28■■■■■ 115.6
LIN28BQ6ZN17 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.283e-28■■■■■ 115.6
LIN28BQ6ZN17 RHEB-207ENST00000496004 744 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.123e-28■■■■■ 115.6
LIN28BQ6ZN17 CTCFL-205ENST00000423479 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.293e-11■■■■■ 115.3
LIN28BQ6ZN17 CTCFL-201ENST00000243914 3567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.63e-11■■■■■ 115.3
LIN28BQ6ZN17 CTCFL-207ENST00000429804 3864 ntTSL 1 (best) BASIC10.45□□□□□ -0.743e-11■■■■■ 115.3
LIN28BQ6ZN17 CTCFL-202ENST00000371196 3491 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.753e-11■■■■■ 115.3
LIN28BQ6ZN17 CTCFL-216ENST00000608263 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.783e-11■■■■■ 115.3
LIN28BQ6ZN17 CTCFL-222ENST00000609232 3668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.01□□□□□ -0.813e-11■■■■■ 115.3
LIN28BQ6ZN17 TRIM25-207ENST00000573108 952 ntTSL 314.02□□□□□ -0.172e-7■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 TRIM25-201ENST00000316881 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 TRIM25-202ENST00000537230 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-203ENST00000460522 1703 ntTSL 219.48■□□□□ 0.714e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-208ENST00000477938 1715 ntTSL 219.05■□□□□ 0.644e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.524e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.374e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-211ENST00000483635 2169 ntTSL 315.32■□□□□ 0.044e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-204ENST00000463964 1874 ntTSL 39.51□□□□□ -0.894e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-206ENST00000474379 1662 ntTSL 1 (best)8.98□□□□□ -0.974e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-210ENST00000481007 642 ntTSL 24.41□□□□□ -1.74e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-207ENST00000475724 1715 ntTSL 33.63□□□□□ -1.834e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLAL1-205ENST00000469590 1701 ntTSL 32.62□□□□□ -1.994e-8■■■■■ 115.1
LIN28BQ6ZN17 ECH1-215ENST00000601333 710 ntTSL 216.47■□□□□ 0.235e-22■■■■■ 114.4
LIN28BQ6ZN17 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.659e-30■■■■■ 113.3
LIN28BQ6ZN17 SNAPC3-206ENST00000490969 2524 ntTSL 1 (best)18.62■□□□□ 0.579e-30■■■■■ 113.3
LIN28BQ6ZN17 SNAPC3-205ENST00000467062 2574 ntTSL 1 (best)17.48■□□□□ 0.399e-30■■■■■ 113.3
LIN28BQ6ZN17 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.139e-30■■■■■ 113.3
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-224ENST00000444861 2384 ntTSL 1 (best)19.82■□□□□ 0.762e-8■■■■■ 112.9
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-208ENST00000413967 2808 ntTSL 217.77■□□□□ 0.442e-8■■■■■ 112.9
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-213ENST00000426123 2907 ntTSL 213.74□□□□□ -0.212e-8■■■■■ 112.9
LIN28BQ6ZN17 SAMD8-204ENST00000542569 6782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.792e-14■■■■■ 112.9
LIN28BQ6ZN17 SAMD8-201ENST00000372687 6935 ntTSL 1 (best) BASIC8.73□□□□□ -1.012e-14■■■■■ 112.9
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.114e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.024e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.014e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.014e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.024e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.164e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-222ENST00000442406 5129 ntTSL 1 (best)13.69□□□□□ -0.224e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.254e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-218ENST00000434061 5026 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.284e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-219ENST00000435046 4668 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.294e-8■■■■■ 112.8
LIN28BQ6ZN17 XPOT-201ENST00000332707 6414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.293e-10■■■■■ 112.5
LIN28BQ6ZN17 EIF4G1-233ENST00000475721 1271 ntTSL 222.63■■□□□ 1.218e-8■■■■■ 112.5
LIN28BQ6ZN17 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.75e-14■■■■■ 112.2
LIN28BQ6ZN17 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.275e-14■■■■■ 112.2
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 284.9 ms