Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP39Q53GS9 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
USP39Q53GS9 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP39Q53GS9 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP39Q53GS9 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP39Q53GS9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP39Q53GS9 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP39Q53GS9 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP39Q53GS9 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP39Q53GS9 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP39Q53GS9 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP39Q53GS9 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP39Q53GS9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP39Q53GS9 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP39Q53GS9 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP39Q53GS9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP39Q53GS9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
USP39Q53GS9 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP39Q53GS9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP39Q53GS9 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP39Q53GS9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP39Q53GS9 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
USP39Q53GS9 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
USP39Q53GS9 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP39Q53GS9 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP39Q53GS9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP39Q53GS9 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
USP39Q53GS9 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP39Q53GS9 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP39Q53GS9 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP39Q53GS9 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP39Q53GS9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP39Q53GS9 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP39Q53GS9 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP39Q53GS9 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP39Q53GS9 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP39Q53GS9 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP39Q53GS9 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP39Q53GS9 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP39Q53GS9 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP39Q53GS9 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
USP39Q53GS9 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP39Q53GS9 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP39Q53GS9 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP39Q53GS9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP39Q53GS9 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP39Q53GS9 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
USP39Q53GS9 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP39Q53GS9 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP39Q53GS9 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP39Q53GS9 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP39Q53GS9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP39Q53GS9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP39Q53GS9 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP39Q53GS9 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP39Q53GS9 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP39Q53GS9 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
USP39Q53GS9 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP39Q53GS9 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP39Q53GS9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP39Q53GS9 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP39Q53GS9 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP39Q53GS9 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP39Q53GS9 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP39Q53GS9 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP39Q53GS9 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP39Q53GS9 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP39Q53GS9 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP39Q53GS9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP39Q53GS9 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP39Q53GS9 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP39Q53GS9 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP39Q53GS9 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP39Q53GS9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP39Q53GS9 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP39Q53GS9 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP39Q53GS9 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP39Q53GS9 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
USP39Q53GS9 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP39Q53GS9 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
USP39Q53GS9 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP39Q53GS9 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP39Q53GS9 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP39Q53GS9 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms