Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SLC44A4Q53GD3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SLC44A4Q53GD3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SLC44A4Q53GD3 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
SLC44A4Q53GD3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SLC44A4Q53GD3 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SLC44A4Q53GD3 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
SLC44A4Q53GD3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.26■■■□□ 2.43
SLC44A4Q53GD3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.23■■■□□ 2.43
SLC44A4Q53GD3 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SLC44A4Q53GD3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SLC44A4Q53GD3 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SLC44A4Q53GD3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SLC44A4Q53GD3 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SLC44A4Q53GD3 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SLC44A4Q53GD3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SLC44A4Q53GD3 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SLC44A4Q53GD3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SLC44A4Q53GD3 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SLC44A4Q53GD3 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SLC44A4Q53GD3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SLC44A4Q53GD3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
SLC44A4Q53GD3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SLC44A4Q53GD3 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SLC44A4Q53GD3 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SLC44A4Q53GD3 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SLC44A4Q53GD3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SLC44A4Q53GD3 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SLC44A4Q53GD3 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SLC44A4Q53GD3 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SLC44A4Q53GD3 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
SLC44A4Q53GD3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SLC44A4Q53GD3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SLC44A4Q53GD3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC29.85■■■□□ 2.37
SLC44A4Q53GD3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SLC44A4Q53GD3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SLC44A4Q53GD3 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SLC44A4Q53GD3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
SLC44A4Q53GD3 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
SLC44A4Q53GD3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SLC44A4Q53GD3 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SLC44A4Q53GD3 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
SLC44A4Q53GD3 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
SLC44A4Q53GD3 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SLC44A4Q53GD3 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.35
SLC44A4Q53GD3 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
SLC44A4Q53GD3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SLC44A4Q53GD3 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SLC44A4Q53GD3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.65■■■□□ 2.34
SLC44A4Q53GD3 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SLC44A4Q53GD3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SLC44A4Q53GD3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SLC44A4Q53GD3 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
SLC44A4Q53GD3 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SLC44A4Q53GD3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SLC44A4Q53GD3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SLC44A4Q53GD3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SLC44A4Q53GD3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SLC44A4Q53GD3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SLC44A4Q53GD3 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SLC44A4Q53GD3 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SLC44A4Q53GD3 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SLC44A4Q53GD3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SLC44A4Q53GD3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SLC44A4Q53GD3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SLC44A4Q53GD3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SLC44A4Q53GD3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SLC44A4Q53GD3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SLC44A4Q53GD3 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SLC44A4Q53GD3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SLC44A4Q53GD3 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SLC44A4Q53GD3 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SLC44A4Q53GD3 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SLC44A4Q53GD3 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SLC44A4Q53GD3 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SLC44A4Q53GD3 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SLC44A4Q53GD3 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SLC44A4Q53GD3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SLC44A4Q53GD3 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SLC44A4Q53GD3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SLC44A4Q53GD3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SLC44A4Q53GD3 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SLC44A4Q53GD3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SLC44A4Q53GD3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SLC44A4Q53GD3 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SLC44A4Q53GD3 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
SLC44A4Q53GD3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SLC44A4Q53GD3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
SLC44A4Q53GD3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SLC44A4Q53GD3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SLC44A4Q53GD3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SLC44A4Q53GD3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
SLC44A4Q53GD3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms