Protein–RNA interactions for Protein: Q4VC31

CCDC58, Coiled-coil domain-containing protein 58, humanhuman

Predictions only

Length 144 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC58Q4VC31 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC58Q4VC31 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC58Q4VC31 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC58Q4VC31 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC58Q4VC31 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC58Q4VC31 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC58Q4VC31 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC58Q4VC31 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC58Q4VC31 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC58Q4VC31 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC58Q4VC31 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC58Q4VC31 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
CCDC58Q4VC31 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC58Q4VC31 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC58Q4VC31 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC58Q4VC31 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC58Q4VC31 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC58Q4VC31 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC58Q4VC31 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC58Q4VC31 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC58Q4VC31 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC58Q4VC31 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC58Q4VC31 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC58Q4VC31 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC58Q4VC31 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC58Q4VC31 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC58Q4VC31 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC58Q4VC31 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC58Q4VC31 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC58Q4VC31 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC58Q4VC31 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC58Q4VC31 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC58Q4VC31 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC58Q4VC31 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC58Q4VC31 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC58Q4VC31 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC58Q4VC31 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC58Q4VC31 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC58Q4VC31 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC58Q4VC31 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC58Q4VC31 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC58Q4VC31 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC58Q4VC31 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC58Q4VC31 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC58Q4VC31 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC58Q4VC31 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC58Q4VC31 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC58Q4VC31 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC58Q4VC31 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC58Q4VC31 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC58Q4VC31 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC58Q4VC31 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC58Q4VC31 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC58Q4VC31 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC58Q4VC31 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC58Q4VC31 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms