Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.55■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC44.55■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC44.54■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC44.42■■■■■ 4.7
TCOF1Q13428 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.39■■■■■ 4.7
TCOF1Q13428 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC44.39■■■■■ 4.7
TCOF1Q13428 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC44.37■■■■■ 4.69
TCOF1Q13428 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC44.33■■■■■ 4.69
TCOF1Q13428 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC44.29■■■■■ 4.68
TCOF1Q13428 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.28■■■■■ 4.68
TCOF1Q13428 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.18■■■■■ 4.66
TCOF1Q13428 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC44.14■■■■■ 4.66
TCOF1Q13428 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.14■■■■■ 4.66
TCOF1Q13428 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.13■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC44.11■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC44.1■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC44.1■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.09■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC44.08■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC44.08■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.04■■■■■ 4.64
TCOF1Q13428 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.97■■■■■ 4.63
TCOF1Q13428 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.94■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC43.9■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC43.89■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC43.89■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC43.88■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC43.86■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.85■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.85■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.82■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC43.8■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.78■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC43.77■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC43.76■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.76■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC43.76■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC43.75■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC43.73■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC43.72■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC43.7■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.69■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC43.69■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC43.64■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.6■■■■■ 4.57
TCOF1Q13428 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC43.57■■■■■ 4.57
TCOF1Q13428 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC43.55■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC43.55■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC43.53■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.53■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.49■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC43.49■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.48■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.48■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC43.47■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC43.45■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.44■■■■■ 4.54
TCOF1Q13428 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC43.38■■■■■ 4.54
TCOF1Q13428 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC43.34■■■■■ 4.53
TCOF1Q13428 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.32■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.31■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.29■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC43.29■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC43.26■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC43.24■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC43.24■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC43.22■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.2■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC43.17■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC43.17■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC43.15■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.15■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC43.14■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.11■■■■■ 4.49
TCOF1Q13428 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC43.09■■■■■ 4.49
TCOF1Q13428 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.07■■■■■ 4.49
TCOF1Q13428 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.04■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.04■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC43.04■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC43.02■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC42.99■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.97■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC42.96■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.94■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.93■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.92■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.91■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC42.88■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC42.85■■■■■ 4.45
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