Protein–RNA interactions for Protein: P0CW19

LIMS3, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3P0CW19 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMS3P0CW19 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMS3P0CW19 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMS3P0CW19 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMS3P0CW19 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMS3P0CW19 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMS3P0CW19 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMS3P0CW19 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMS3P0CW19 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMS3P0CW19 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMS3P0CW19 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMS3P0CW19 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMS3P0CW19 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMS3P0CW19 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMS3P0CW19 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMS3P0CW19 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMS3P0CW19 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMS3P0CW19 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMS3P0CW19 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMS3P0CW19 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMS3P0CW19 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMS3P0CW19 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMS3P0CW19 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMS3P0CW19 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMS3P0CW19 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMS3P0CW19 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMS3P0CW19 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMS3P0CW19 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMS3P0CW19 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMS3P0CW19 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMS3P0CW19 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMS3P0CW19 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMS3P0CW19 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMS3P0CW19 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMS3P0CW19 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMS3P0CW19 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIMS3P0CW19 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIMS3P0CW19 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMS3P0CW19 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMS3P0CW19 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMS3P0CW19 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMS3P0CW19 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMS3P0CW19 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMS3P0CW19 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMS3P0CW19 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMS3P0CW19 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMS3P0CW19 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMS3P0CW19 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMS3P0CW19 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMS3P0CW19 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMS3P0CW19 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMS3P0CW19 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMS3P0CW19 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMS3P0CW19 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMS3P0CW19 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMS3P0CW19 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMS3P0CW19 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMS3P0CW19 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMS3P0CW19 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMS3P0CW19 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMS3P0CW19 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMS3P0CW19 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMS3P0CW19 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMS3P0CW19 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMS3P0CW19 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms