Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.889e-7■■■■■ 36.4
CDC40O60508 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.759e-7■■■■■ 36.4
CDC40O60508 TBC1D22A-204ENST00000394449 2048 ntTSL 519.34■□□□□ 0.699e-7■■■■■ 36.4
CDC40O60508 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC14.41□□□□□ -0.19e-7■■■■■ 36.4
CDC40O60508 TBC1D22A-201ENST00000337137 3787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.329e-7■■■■■ 36.4
CDC40O60508 TBC1D22A-207ENST00000441162 2636 ntTSL 212.39□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 36.4
CDC40O60508 TBC1D22A-203ENST00000380995 3934 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.519e-7■■■■■ 36.4
CDC40O60508 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 36.3
CDC40O60508 EGFR-211ENST00000638463 4735 ntTSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.642e-7■■■■■ 36.3
CDC40O60508 EGFR-201ENST00000275493 9821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.72e-7■■■■■ 36.3
CDC40O60508 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.964e-10■■■■■ 36.2
CDC40O60508 CYP4V2-203ENST00000507209 8646 ntTSL 1 (best)14.57□□□□□ -0.084e-10■■■■■ 36.2
CDC40O60508 TNS1-216ENST00000480665 758 ntTSL 213.95□□□□□ -0.187e-10■■■■■ 36.2
CDC40O60508 HNF1A-AS1-201ENST00000433033 612 ntTSL 3 BASIC12.07□□□□□ -0.482e-9■■■■■ 36.2
CDC40O60508 HNF1A-AS1-202ENST00000535301 536 ntTSL 4 BASIC7.38□□□□□ -1.232e-9■■■■■ 36.2
CDC40O60508 HNF1A-AS1-205ENST00000619441 343 ntTSL 3 BASIC5.57□□□□□ -1.522e-9■■■■■ 36.2
CDC40O60508 HNF1A-AS1-203ENST00000537361 659 ntTSL 3 BASIC5.03□□□□□ -1.62e-9■■■■■ 36.2
CDC40O60508 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.733e-6■■■■■ 35.9
CDC40O60508 RPS6-201ENST00000315377 863 ntTSL 3 BASIC11.31□□□□□ -0.63e-6■■■■■ 35.9
CDC40O60508 RPS6-202ENST00000380381 892 ntTSL 2 BASIC8.66□□□□□ -1.023e-6■■■■■ 35.9
CDC40O60508 RPS6-204ENST00000380394 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.99□□□□□ -1.133e-6■■■■■ 35.9
CDC40O60508 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.637e-7■■■■■ 35.8
CDC40O60508 TAF4-207ENST00000608887 284 ntTSL 48.73□□□□□ -1.017e-7■■■■■ 35.8
CDC40O60508 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.243e-80■■■■■ 35.8
CDC40O60508 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.148e-7■■■■■ 35.8
CDC40O60508 CAMSAP3-201ENST00000160298 3889 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.378e-7■■■■■ 35.8
CDC40O60508 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.33e-80■■■■■ 35.7
CDC40O60508 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.811e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC19A1-203ENST00000417954 3572 ntTSL 1 (best)13.16□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 ANKMY1-213ENST00000418505 568 ntTSL 421.16■□□□□ 0.985e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-205ENST00000585636 561 ntTSL 221.11■□□□□ 0.975e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.975e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-206ENST00000585695 1121 ntTSL 221.11■□□□□ 0.975e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.765e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-216ENST00000592857 837 ntTSL 319.49■□□□□ 0.715e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.65e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-210ENST00000588315 1409 ntTSL 218.5■□□□□ 0.555e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 ANKMY1-219ENST00000464991 1221 ntTSL 1 (best)18.47■□□□□ 0.555e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-204ENST00000585523 574 ntTSL 418.19■□□□□ 0.55e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-209ENST00000588049 839 ntTSL 518.19■□□□□ 0.55e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.395e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.355e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-208ENST00000586633 566 ntTSL 316.44■□□□□ 0.225e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 LAMP1-203ENST00000472564 5242 ntTSL 216.27■□□□□ 0.25e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 PLXNB2-205ENST00000432455 1620 ntTSL 516.19■□□□□ 0.185e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 ANKMY1-212ENST00000411765 652 ntTSL 415.17■□□□□ 0.025e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC14.43□□□□□ -0.15e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SLC25A39-214ENST00000591151 636 ntTSL 213.48□□□□□ -0.255e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 CAPN15-206ENST00000568402 540 ntTSL 413.16□□□□□ -0.35e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 LAMP1-202ENST00000471046 424 ntTSL 312.01□□□□□ -0.495e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SKI-202ENST00000478223 294 ntTSL 310.78□□□□□ -0.685e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SKI-204ENST00000508416 252 ntTSL 39.65□□□□□ -0.865e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 XRCC5-209ENST00000485763 616 ntTSL 26.33□□□□□ -1.45e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 XRCC5-206ENST00000460284 2962 ntTSL 1 (best)5.12□□□□□ -1.595e-7■■■■■ 34.4
CDC40O60508 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.684e-8■■■■■ 34.2
CDC40O60508 SCARA3-201ENST00000301904 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.52□□□□□ -0.894e-8■■■■■ 34.2
CDC40O60508 ZNF407-207ENST00000582337 5662 ntTSL 5 BASIC8.03□□□□□ -1.123e-9■■■■■ 34
CDC40O60508 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.627e-7■■■■■ 33.7
CDC40O60508 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.557e-7■■■■■ 33.7
CDC40O60508 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.017e-7■■■■■ 33.7
CDC40O60508 DLGAP4-203ENST00000373907 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.637e-7■■■■■ 33.7
CDC40O60508 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.247e-7■■■■■ 33.2
CDC40O60508 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.37e-7■■■■■ 33.2
CDC40O60508 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.27e-7■■■■■ 33.2
CDC40O60508 CTSA-207ENST00000484855 2183 ntTSL 1 (best)15.23■□□□□ 0.037e-7■■■■■ 33.2
CDC40O60508 CTSA-214ENST00000606788 3056 ntTSL 214.57□□□□□ -0.087e-7■■■■■ 33.2
CDC40O60508 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.147e-7■■■■■ 33.2
CDC40O60508 CTSA-210ENST00000606000 644 ntTSL 311.36□□□□□ -0.597e-7■■■■■ 33.2
CDC40O60508 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.563e-6■■■■■ 33
CDC40O60508 PLXNB2-203ENST00000425954 609 ntTSL 216.1■□□□□ 0.171e-6■■■■■ 33
CDC40O60508 PLXNB2-207ENST00000449103 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 33
CDC40O60508 PLXNB2-201ENST00000359337 6335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 33
CDC40O60508 INSR-205ENST00000598216 2961 ntTSL 1 (best)10.94□□□□□ -0.663e-6■■■■■ 33
CDC40O60508 INSR-202ENST00000341500 8954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.853e-6■■■■■ 33
CDC40O60508 ASPSCR1-203ENST00000344865 1041 ntTSL 220.99■□□□□ 0.953e-17■■■■■ 32.9
CDC40O60508 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.636e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.26e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 ASPSCR1-209ENST00000581484 1001 ntTSL 215.87■□□□□ 0.133e-17■■■■■ 32.9
CDC40O60508 PFKFB4-206ENST00000422701 636 ntTSL 314.08□□□□□ -0.166e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 PFKFB4-215ENST00000496767 779 ntTSL 513.97□□□□□ -0.176e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 TRIM15-208ENST00000433744 491 ntTSL 312.64□□□□□ -0.396e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 TRIM15-206ENST00000376688 426 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.576e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 PFKFB4-214ENST00000490404 849 ntTSL 39.07□□□□□ -0.966e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 WDR73-204ENST00000558487 564 ntTSL 28.81□□□□□ -16e-9■■■■■ 32.9
CDC40O60508 PFKL-210ENST00000496824 1063 ntTSL 518.39■□□□□ 0.532e-9■■■■■ 32.5
CDC40O60508 TMC6-204ENST00000585849 552 ntTSL 217.81■□□□□ 0.442e-7■■■■■ 32.5
CDC40O60508 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.232e-7■■■■■ 32.5
CDC40O60508 CFB-272ENST00000452035 1866 ntTSL 214.43□□□□□ -0.11e-8■■■■■ 32.3
CDC40O60508 CFB-278ENST00000472581 1059 ntTSL 214.06□□□□□ -0.161e-8■■■■■ 32.3
CDC40O60508 CFB-273ENST00000460718 768 ntTSL 510.56□□□□□ -0.721e-8■■■■■ 32.3
CDC40O60508 CFB-271ENST00000425368 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.93□□□□□ -0.821e-8■■■■■ 32.3
CDC40O60508 AL645922.1-202ENST00000477310 3377 ntTSL 5 BASIC9.88□□□□□ -0.831e-8■■■■■ 32.3
CDC40O60508 AL645922.1-201ENST00000456570 3874 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.31□□□□□ -0.921e-8■■■■■ 32.3
CDC40O60508 CFB-279ENST00000475617 586 ntTSL 46.76□□□□□ -1.331e-8■■■■■ 32.3
CDC40O60508 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 32
CDC40O60508 MEGF6-205ENST00000485002 4705 ntTSL 514.85□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 32
CDC40O60508 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.155e-7■■■■■ 31.9
CDC40O60508 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.832e-6■■■■■ 31.8
CDC40O60508 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.722e-6■■■■■ 31.8
CDC40O60508 FAM19A5-205ENST00000473898 897 ntTSL 218.28■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 31.8
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