Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP4AQ9BY43 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms