Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
HIF3AQ9Y2N7 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HIF3AQ9Y2N7 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 177.8 ms