Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms