Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HOXA3O43365 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms