Protein–RNA interactions for Protein: Q13596

SNX1, Sorting nexin-1, humanhuman

Predictions only

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNX1Q13596 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNX1Q13596 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNX1Q13596 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNX1Q13596 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNX1Q13596 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNX1Q13596 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNX1Q13596 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNX1Q13596 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms