Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS41P49754 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS41P49754 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS41P49754 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS41P49754 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS41P49754 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS41P49754 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS41P49754 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS41P49754 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS41P49754 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS41P49754 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS41P49754 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS41P49754 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS41P49754 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS41P49754 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS41P49754 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS41P49754 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS41P49754 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS41P49754 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS41P49754 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS41P49754 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS41P49754 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS41P49754 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS41P49754 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS41P49754 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS41P49754 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS41P49754 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS41P49754 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS41P49754 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS41P49754 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS41P49754 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS41P49754 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS41P49754 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS41P49754 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS41P49754 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS41P49754 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS41P49754 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS41P49754 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS41P49754 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS41P49754 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS41P49754 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS41P49754 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS41P49754 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS41P49754 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS41P49754 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8 ms