Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTCFP49711 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTCFP49711 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTCFP49711 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTCFP49711 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTCFP49711 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTCFP49711 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CTCFP49711 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CTCFP49711 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CTCFP49711 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CTCFP49711 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CTCFP49711 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CTCFP49711 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CTCFP49711 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CTCFP49711 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CTCFP49711 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CTCFP49711 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CTCFP49711 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CTCFP49711 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CTCFP49711 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CTCFP49711 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CTCFP49711 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CTCFP49711 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CTCFP49711 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CTCFP49711 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CTCFP49711 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CTCFP49711 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CTCFP49711 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CTCFP49711 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CTCFP49711 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CTCFP49711 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CTCFP49711 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
CTCFP49711 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CTCFP49711 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CTCFP49711 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CTCFP49711 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CTCFP49711 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CTCFP49711 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CTCFP49711 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CTCFP49711 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CTCFP49711 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CTCFP49711 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CTCFP49711 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CTCFP49711 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CTCFP49711 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CTCFP49711 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CTCFP49711 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CTCFP49711 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CTCFP49711 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CTCFP49711 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CTCFP49711 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
CTCFP49711 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CTCFP49711 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CTCFP49711 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CTCFP49711 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CTCFP49711 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
CTCFP49711 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CTCFP49711 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CTCFP49711 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CTCFP49711 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CTCFP49711 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CTCFP49711 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CTCFP49711 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CTCFP49711 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CTCFP49711 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CTCFP49711 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CTCFP49711 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CTCFP49711 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CTCFP49711 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CTCFP49711 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CTCFP49711 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
CTCFP49711 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CTCFP49711 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
CTCFP49711 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CTCFP49711 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms