Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC32■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC31.99■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC31.99■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC31.98■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
HOXC9P31274 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC31.93■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC31.92■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC31.92■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC31.91■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC31.9■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
HOXC9P31274 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC31.88■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC31.87■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC31.87■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC31.85■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC31.85■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC31.85■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC31.85■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC31.84■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
HOXC9P31274 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
HOXC9P31274 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms