Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXA9P31269 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXA9P31269 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXA9P31269 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXA9P31269 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms