Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXD9P28356 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXD9P28356 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.6 ms