Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXD4P09016 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms