Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHOX2O60902 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHOX2O60902 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms