Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LHX3Q9UBR4 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms