Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
LIM2P55344 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms