Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQ69

LHX9, LIM/homeobox protein Lhx9, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX9Q9NQ69 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LHX9Q9NQ69 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX9Q9NQ69 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms