Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA9P31269 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms