Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
TRERF1Q96PN7 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.55■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC27.55■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
TRERF1Q96PN7 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms