Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CLIP3Q96DZ5 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CLIP3Q96DZ5 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.5 ms